Murdoch s-a căsătorit cu prima sa soție, fosta însoțitoare de zbor Patricia, în 1956. Cei doi s-au despărțit în 1967, la nouă ani după nașterea singurului lor copil, Prudence. În același an, s-a căsătorit cu a doua sa soție, Anna, o jurnalistă născută în Glasgow, cu care a fost însurat timp de 32 de ani, înainte de divorțul lor din1999.