În 1995, Sinead a adus-o pe lume pe singura sa fiică, Roisin, pe care o are din relația cu jurnalistul John Waters. După nașterea acesteia, artista și Waters au luptat pentru custodia fetei. După ce O'Connor a încercat să se sinucidă, i-a cedat custodia fiicei sale fostului ei partener, în anul 1999.
În 2014, Roisin a avut o rară apariție publică împreună cu mama sa, moment în care au cântat un duet la un post de televiziune.