Fonsi nu este la prima căsătorie. El a mai fost căsătorit în urmă cu 11 ani cu actrița Adamari Lopez (46 ani), căreia i-a fost alături și după ce aceasta a fost diagnosticată cu cancer. Când a intrat în remisie, cei doi s-au căsătorit, dar căsnicia lor nu a rezistat, iar în 2010 au divorțat.

Actuala soție, Águeda López, este un fost model de succes, dar care a renunțat la carieră după ce a devenit mămică. Cei doi sunt considerați a fi un cuplu perfect.