Anchetatorii au conturat trei scenarii ale crimei. În primul, Patsy ar fi bătut-o pe JonBenet într-o criză de furie după ce copila s-ar fi scăpat în pat. Fetița ar fi murit în urma loviturilor sau Patsy ar fi ucis-o pentru a acoperi atacul inițial.
În cel de-al doilea scenariu, John și-ar fi abuzat sexual fiica și apoi ar fi ucis-o pentru a o reduce la tăcere.
În cel de-al treilea scenariu ar fi fost implicat Burke, fratele mai mare al lui JonBenet, gelos pe atenția de care se bucura sora lui mai mică. Acesta ar fi ucis-o, iar părinții ar fi încercat să acopere fapta.
Absolviți de crimă în lipsa unor probe concludente, părinții lui JonBenet au fost însă condamnați de opinia publică, John și Patsy câștigând mai multe procese cu ziarele care îi prezentau drept vinovați.
Abia în 2008, după ce analizele ADN au confirmat prezența unor urme aparținând unui bărbat necunoscut pe hainele fetiței, John și Patsy Ramsey au fost scoși oficial de sub acuzare și au primit în scris scuzele procuraturii. Era însă prea târziu pentru mama fetiței, care murise cu doi ani înainte, din cauza unui cancer ovarian.
Singura ipoteză rămasă în picioare este, în continuare, atacul unui bărbat din exterior. De-a lungul timpului, peste 140 de bărbați au fost cercetați, dar testul ADN i-a absolvit de vină.
Tatăl lui JonBenét trăiește acum într-o locuință modestă din Michigan. Și-a vândut toate proprietățile, avioanele și iahturile și vorbește foarte rar despre moartea fiicei sale.